运行不当，如曝气过量，会使活性污泥的生长平衡遭到破坏，使微生物量减少而失去活性，吸附能力降低，絮凝体一部分变致密，另一部分则成为不易沉淀的羽毛状污泥，处理水水质浑浊，SVI值降低。
当污水中存在有毒物质时，微生物会受到抑制或伤害，净化功能下降或完全停止，从而使污泥失去活性。
一般可通过显微镜观察来判别产生的原因。如果是运行方面的问题，应对污水量、回流污泥量和排泥状态以及SV、MLSS、DO等多项指标进行检查，加以调整。当正确是处理水中混入有毒物质时，应考虑这是否是新的工业废水混入的结果，需查明来源，责成其按国家排放标准进行局部处理。
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