沉砂池的系统控制可以分成手动和自动，自动控制由现场的控制箱和PLC 进行。旋流沉砂器的沉沙池搅拌系统基本上为24h连续自动操作，若需要保养或手动操作时,系统可以切换。
沉砂池的空气鼓风机、空气冲洗装置及砂水分离器的操作由电控柜自动执行,必要时自动控制可以由操作人员解除而完全以人工控制方式运作。空气提升前操作前必须确认鼓风机操作正常、气压达到预设值。
气洗过程：空气管上的电磁阀开启，排砂管上的电动刀阀处于关闭状态，压缩空气自空气喷头喷出打松沉于池底的沉砂以利于下一步提升泵将沉砂抽出，并使上清液返回水处理流程作下一步处理。电磁阀的开启时间可以调节。
排砂过程：启动砂水分离器，开启排砂管上电动刀阀,空气提升泵把沉砂抽送至砂水分离器，经过一预设时间后系统自动关闭。预设时间可以根据系统运行后的经验而设定，也可随着污水中的含砂量的变化作适当调节。
经过以上两个过程后，电动刀阀、电磁阀、空压机自行关闭，即完成一个工作周期。